Instytut Optoelektroniki składa się z czterech Zakładów, Centrum Inżynierii Biomedycznej oraz Akredytowanego Laboratorium Badawczego, w których łącznie z pracownikami działu administracyjno-technicznego Instytutu zatrudnionych jest około 200 osób. Obecnie (na koniec 2021 r.) w IOE zatrudnionych jest 65 pracowników zajmujących się działalnością naukowo-badawczą w tym 7 profesorów, 10 doktorów habilitowanych oraz 38 doktorów.
Dziekanat – Dział kształcenia
Zakład Techniki Laserowej
Zakład Techniki Podczerwieni i Termowizji
Zakład Technologii Optoelektronicznych
Zakład Systemów Optoelektronicznych
Centrum Inżynierii Biomedycznej
Akredytowane Laboratorium Badawcze
Dział administracyjny