Instytut Optoelektroniki składa się z czterech Zakładów oraz Akredytowanego Laboratorium Badawczego, w których łącznie z pracownikami działu administracyjno-technicznego Instytutu zatrudnionych jest około 200 osób. Obecnie (na koniec 2016 r.) w IOE zatrudnionych jest 107 pracowników zajmujących się działalnością naukowo-badawczą w tym 12 profesorów, 9 doktorów habilitowanych oraz 63 doktorów. Wśród 34 młodych pracowników naukowych (< 35 roku życia) 14 realizowało stacjonarne studia doktoranckie w IOE. Nauki techniczne reprezentuje 116 pracowników w tym elektronikę – 98, inżynierię materiałową – 9, inne nauki techniczne – 9. Nauki fizyczne reprezentuje 14, nauki chemiczne 12, a nauki medyczne 2 pracowników IOE.

Dziekanat – Dział kształcenia
Dział administracyjny
Zakład Techniki Laserowej
Zakład Technologii Optoelektronicznych
Centrum Inżynierii Biomedycznej
Zakład Systemów Optoelektronicznych
Akredytowane Laboratorium Badawcze
Zakład Techniki Podczerwieni i Termowizji