Struktura docelowa Instytutu Elektroniki Kwantowej została ukształtowana w okresie prowadzenia przez płk, prof. dr. inż. Zbigniewa Puzewicza koordynacji ogólnokrajowego problemu węzłowego „Badania i rozwój produkcji urządzeń laserowych”. Przypadło to na okres przeprowadzki do nowego budynku oraz przygotowań do eksperymentu na potrzeby syntezy termojądrowej. Intensywność zmian kadrowych, aparaturowych, sprzętowych i logistycznych (IEK WAT przekazał do IFPiLM poza budynkami również zdecydowanie ponad połowę zgromadzonej aparatury oraz materiałów) spowodowały bardzo poważną utratę potencjału badawczego. Druga połowa lat 70. to początek kryzysu państwa, a w kolejnym dziesięcioleciu stan wojenny, co spowodowało drastyczne ograniczenie środków finansowych. Formalnie z dniem 1 stycznia 1980 r. IEK uzyskał status samodzielnej, podstawowej jednostki organizacyjnej WAT, co było usankcjonowaniem stanu istniejącego od połowy lat 70.
W latach 1970-1980 IEK WAT samodzielnie opracowywał prototypy lub wdrożył do produkcji seryjnej wiele urządzeń, które były pierwszymi nie tylko w kraju, ale również w Europie. Wiele urządzeń wprowadzano równolegle z ich debiutem światowym. Tak było ze skalpelami laserowymi wprowadzonymi do praktyki klinicznej. W latach 80. w Klinice Otolaryngologicznej w Warszawie przeprowadzono około 2300 operacji z użyciem skalpela laserowego z IEK. Wdrożono również urządzenia do cięcia płytek ceramicznych na potrzeby produkcji układów scalonych oraz urządzenia do korekcji rezystorów, a także urządzenia na potrzeby przemysłu precyzyjnego oraz innych gałęzi gospodarki narodowej.
O ile zakres badań IEK WAT w latach 70. był niezwykle szeroki, o tyle w wyniku zachodzących zmian, ograniczania środków i inwestycji, obszar aktywności Instytutu musiał się kurczyć. Mimo wszystko w lata 80. Instytut wszedł ze znacznym potencjałem w zakresie badań laserów na potrzeby medycyny, laserów molekularnych oraz urządzeń elektroniki kwantowej na potrzeby obronności.
W latach 80. priorytetem IEK stały się urządzenia laserowe na potrzeby obronności, takie jak: laserowe symulatory strzelań, a później pola walki oraz systemy kierowania ogniem armat czołgowych. Na podstawowe podzespoły opracowanych systemów zespół prof. Z. Puzewicza posiada patenty, w tym o numerach: 0518:
- Sposób kierowania ogniem uzbrojenia urządzenie do kierowania ogniem uzbrojenia, zwłaszcza czołgu T-55A (1984); 143903;
- Urządzenie do wykrywania i określania kierunku padania impulsowego promieniowania laserowego (1984); 147831;
- Sposób wykonania miniaturowej głowicy laserowej (1985); 149945;
- Rezonator laserowy (1986).
Opracowywane w IEK urządzenia elektroniki kwantowej dla wojska (dalmierze laserowe, urządzenia do ostrzegania przed promieniowaniem laserowym, laserowe systemy symulacji pola walki lub systemy kierowania ogniem, w skład których wchodziły cyfrowe przeliczniki danych balistycznych, czujniki, noktowizyjne lub termowizyjne systemy celownicze) należały do najnowocześniejszego wyposażenia Wojska Polskiego. Zaliczały się również do najnowocześniejszych w Układzie Warszawskim. Za „Opracowanie systemu kierowania ogniem” Zespół prof. Z. Puzewicza otrzymał w 1985 r. Zespołową Nagrodę Honorową Ministra Obrony Narodowej.
Działalność IEK WAT wywarła niewątpliwy wpływ na sytuację w polskim przemyśle, służbie zdrowia oraz bardzo istotnie wpłynęła na wzrost możliwości bojowych Wojska Polskiego, wpisując się na trwałe w krajową historię nauki i techniki, a tym samym w historię dokonań WAT. Opracowany w IEK laserowy dalmierz artyleryjski PORTLAND wyprodukowano w Przemysłowym Centrum Optyki w Warszawie w 147 egzemplarzach, SKO MERIDA w 599 egzemplarzach, system ostrzegania o promieniowaniu laserowym BOBRAWA w 681 egzemplarzach dla WP i 78 na eksport, SKO DRAWA i SKO DRAWA-T dla czołgu T-72 w 249 egzemplarzach.
Prace podjęte w IEK są kontynuowane i rozwijane w IOE. Prace na rzecz wojska realizowane są w kilku zespołach, w tym w Zespole Elektroniki Kwantowej kierowanym ciągle przez profesora Z. Puzewicza.