Pierwszym komendantem Instytutu Optoelektroniki (IOE), powstałego z połączenia Instytutu Elektroniki Kwantowej (IEK) kierowanego przez płk. prof. dr. inż. Zbigniewa Puzewicza i Instytutu Optoelektroniki (IO) kierowanego przez płk. prof. dr. hab. inż. Zdzisława Jankiewicza, został płk dr hab. inż. Karol JACH. Instytutem Optoelektroniki WAT w kolejnych okresach kierowali: gen. dyw. prof. dr hab. inż. Zygmunt MIERCZYK oraz płk dr hab. inż. Henryk FIEDOROWICZ. Od 2010 r. pełnienie obowiązków dyrektora zostało powierzone płk dr. inż. Krzysztofowi KOPCZYŃSKIEMU. W 2012 roku w pierwszych w historii Instytutu Optoelektroniki wyborach, według procedury wyborczej właściwej dla podstawowych jednostek organizacyjnych uczelni, dyrektorem Instytutu na kadencję 2012-2016 wybrany został płk dr inż. Krzysztof KOPCZYŃSKI. Od roku 2016 obowiązki Dyrektora Instytutu sprawuje dr hab inż. Krzysztof KOPCZYŃSKI.
1994 – 1999
płk dr hab. inż.
Karol Jach
(profesor od 1999)
1999 – 2003
płk dr hab. inż.
Zygmunt Mierczyk
(profesor od 2009)
2003 – 2010
płk dr hab. inż.
Henryk Fiedorowicz
(profesor od 2009)
Od 2010
płk dr inż.
Krzysztof Kopczyński